Expert-comptable pour médecin à Lyon : BNC, déclaration 2035, CARMF et passage en SEL

Les spécificités comptables du métier de médecin libéral

L’exercice médical libéral obéit à des règles fiscales et sociales que ne partage aucune autre activité. Six d’entre elles structurent votre dossier.

1. Le régime des bénéfices non commerciaux. Un médecin libéral est imposé en BNC : sa comptabilité est une comptabilité de trésorerie (recettes encaissées, dépenses payées), non d’engagement. Au-dessus de 77 700 € de recettes annuelles, la déclaration contrôlée s’impose, avec le formulaire 2035 et ses annexes ; en dessous, le micro-BNC applique un abattement de 34 %, rarement favorable à un médecin dont les charges réelles (cotisations, loyer, matériel, véhicule) dépassent ce pourcentage.

2. Les relevés SNIR et les honoraires conventionnés. L’assurance maladie transmet chaque année un relevé des honoraires (SNIR) qui doit être rapproché des recettes déclarées. Les écarts entre honoraires, dépassements et rétrocessions sont une source classique de rectification.

3. Les cotisations CARMF et URSSAF. Un médecin cotise à l’URSSAF (maladie, allocations familiales, CSG-CRDS, contribution à la formation) et à la CARMF (retraite de base, complémentaire, ASV, invalidité-décès). En secteur 1, l’assurance maladie prend en charge une partie des cotisations. Les régularisations à N+1 et N+2 créent des à-coups de trésorerie qu’il faut provisionner.

4. L’exonération de TVA des actes de soins. Les actes médicaux et paramédicaux sont exonérés de TVA (article 261-4-1° du CGI). En contrepartie, la TVA sur les dépenses n’est pas récupérable, et les activités annexes (expertises, médecine esthétique non thérapeutique, formations) peuvent être taxables : la ventilation doit être suivie.

5. Les remplacements et les collaborations. Rétrocessions d’honoraires, contrats de remplacement déclarés à l’Ordre, redevances de collaboration : chaque flux a un traitement fiscal précis, chez le remplacé comme chez le remplaçant.

6. Les sociétés d’exercice. SCM pour partager les frais, SCP pour partager les recettes, SELARL ou SELAS pour exercer en société à l’IS : chaque forme a ses conséquences. Depuis 2024, la rémunération des associés de SEL est imposée en BNC, ce qui a modifié l’intérêt du montage et impose une simulation à jour.

Les erreurs les plus fréquentes chez les médecins libéraux

• Ne pas provisionner les cotisations. Une première année d’installation à cotisations forfaitaires réduites est suivie de régularisations importantes en deuxième et troisième années. Sans provision, la trésorerie ne suit pas et les majorations de retard URSSAF (5 % puis 0,2 % par mois) s’accumulent.
• Déduire un véhicule au-delà des plafonds. L’amortissement d’un véhicule de tourisme est plafonné selon ses émissions (de 9 900 € à 30 000 €) et l’usage professionnel doit être justifié par un agenda de visites ; à défaut, la fraction est réintégrée avec intérêts de retard.
• Confondre honoraires et recettes. Les dépassements, les rétrocessions perçues, les indemnités de permanence des soins et les rémunérations forfaitaires (ROSP, forfait patientèle) ont chacun leur ligne. Un relevé SNIR non rapproché est le premier point vérifié en cas de contrôle.

Ce que nous faisons pour les médecins et professionnels de santé

• La tenue de la comptabilité de trésorerie à partir de vos relevés bancaires et de votre logiciel de gestion de cabinet, avec rapprochement du SNIR.
• La déclaration 2035 et ses annexes, télétransmise dans les délais, avec la déclaration sociale des indépendants intégrée.
• Le calcul et la provision des cotisations URSSAF et CARMF, avec un échéancier de trésorerie sur douze mois.
• Le traitement des remplacements : contrats, rétrocessions, déclarations d’entrée pour le remplaçant.
• La paie du secrétariat et des assistants médicaux selon la convention collective des cabinets médicaux.
• L’arbitrage entre exercice individuel et SEL, avec simulation à l’IS et en BNC, et l’accompagnement de la transformation.
• La préparation de la retraite : rachats de trimestres, PER, optimisation des cotisations facultatives déductibles.
• L’acquisition ou la cession de patientèle, la reprise d’un cabinet, l’achat des murs en SCI.
• La déclaration 2042-C-PRO et la coordination avec votre déclaration de revenus personnelle.

Nos clients professionnels de santé dans la région lyonnaise

Le cabinet intervient auprès des professionnels de santé de Lyon et de sa région : cabinets de groupe des 3e, 6e et 8e arrondissements, praticiens installés à Villeurbanne, Caluire-et-Cuire, Sainte-Foy-lès-Lyon, Écully, et professionnels exerçant à proximité des pôles hospitaliers de Bron, de Pierre-Bénite et de Saint-Genis-Laval. Les rendez-vous se tiennent au cabinet médical en dehors des consultations, rue Robert ou en visioconférence.

Combien coûte un expert-comptable pour un médecin ?

La comptabilité d’un médecin exerçant seul est d’un volume modéré : quelques dizaines de dépenses par mois, des recettes concentrées sur les virements de l’assurance maladie et des mutuelles, une déclaration annuelle. Les honoraires sont fixés sur devis. Trois éléments font évoluer le devis :

Le devis en ligne recueille vos critères et déclenche une proposition écrite sous 48 heures.

Installation, association, cession : les trois moments clés

L’installation commence par l’inscription à l’Ordre, à l’URSSAF et à la CARMF, le choix du secteur conventionnel et la mise en place de la comptabilité. Le cabinet chiffre la première année et les régularisations à venir, décrites sur la page création d’entreprise à Lyon.

L’association pose la question de la structure : SCM pour partager un local et une secrétaire, SCP ou SEL pour partager l’activité. Les questions de rémunération et de patrimoine sont traitées sur la page gestion de patrimoine du dirigeant et dans l’article PER, Madelin, assurance-vie : que choisir quand on est TNS.

La cession d’une patientèle ou de parts de SEL relève des règles de plus-value professionnelle, avec des exonérations selon les recettes ou le départ à la retraite, décrites sur la page cession et transmission d’entreprise.

Les autres professions libérales réglementées (avocats, notaires, architectes) sont traitées sur la page expert-comptable pour profession libérale à Lyon.